1950/51 wirkte er an einem Buchprojekt zur Geistesgeschichte des 18. Jahrhunderts mit. So baute er ab 1960 Kontakt mit dem Brasilianischen Philosophischen Institut auf und hielt dort Vorträge. Ab 1962 war er Mitglied dieses Institutes und bekam einen Lehrstuhl für Kommunikationstheorie in São Paulo. Von 1967 an war er Professor für Kommunikation an der Escola Superior de Cinema in São Paulo und hielt weltweit Vorträge. 1972 siedelte er mit seiner Familie aufgrund von Konflikten mit der Militärregierung zunächst nach Meran in Südtirol und später nach Robion in der Provence. In den nächsten Jahrzehnten widmete er sich intensiv seinen Publikationen. Zunehmend setzte er sich mit den neuen Medien auseinander und war ein gefragter Redner auf Symposien und Kongressen. Sein erstes deutschsprachiges Buch erschien 1983: "Für eine Philosophie der Fotografie". 1991 wurde er auf Einladung von Friedrich Kittler als Gastprofessor an die Ruhr-Universität Bochum berufen. Nach einem Vortrag am Prager Goethe-Institut starb er im gleichen Jahr an den Folgen eines Autounfalls kurz vor der deutschen Grenze. Er wurde auf dem neuen jüdischen Friedhof in Prag beigesetzt.

Flussers Biographie erklärt seine bemerkenswerte Vielsprachigkeit. Er schrieb seine Texte in fünf verschiedenen Sprachen. Dasselbe Thema in verschiedenen Sprachen zu behandeln, bedeutete für ihn, dieses aus diversen Standpunkten zu betrachten. Er veröffentlichte zwar hauptsächlich in Deutsch und Portugiesisch, sein Nachlass aber, der neben ca. 2500 Typoskripten auch aus sämtlichen erhaltenen Korrespondenzen und vielen Tondokumenten besteht, beinhaltet auch Texte auf Französisch, Englisch und (selten) Tschechisch. Diese Sammlung befindet sich im Vilém Flusser Archiv der Universität der Künste Berlin.